本所现有5个子公司：上海中船临港船舶装备有限公司（二室）、上海中船材料工程有限公司（三室）、上海申博信息系统工程有限公司（四室）、上海船舶工程质量检测有限公司（六室）、舟山船舶工程研究中心。

上海中船临港船舶装备有限公司（二室）：从事造船切割、成型加工、装配、焊接、涂装等工艺装备、生产线及舰船系统与设备等的研发、设计、生产和服务。

上海中船材料工程有限公司（三室）：从事粉末涂料、水性涂料、复合材料、防火材料、隔热材料、环保材料等先进材料及制品的生产与服务，以及聚乙烯和环氧涂装加工服务。

上海申博信息系统工程有限公司（四室）：从事船舶设计、建造、管理和运营信息系统的技术服务、软件开发、系统集成、工程总包，信息系统及仿真实训系统等的研制、生产与服务。

上海船舶工程质量检测有限公司（六室）：从事船舶、海洋工程、钢结构等工程质量检测服务，金属材料和结构的理化检测、无损检测等工程技术服务和咨询，检测资质培训以及检测器材、耗材的销售和维修服务等。

舟山船舶工程研究中心：依托所技术优势，在舟山地区开展相关的技术服务、培训、转化与推广，技术合作、工程项目服务等业务。